Британские ученые разработали метод аллель-специфической зондовой полимеразной цепной реакции, который может точно обнаруживать различные варианты или линии происхождения коронавируса SARS-CoV-2 в образцах, взятых из носоглотки. Более того, новый метод позволяет обнаруживать вирусные варианты даже в образцах с разрушенной вирусной РНК.
Как пишет РИА Новости со ссылкой на результаты исследования на сервере препринтов medRxiv.org, авторы разработали метод количественной полимеразной цепной реакции (ПЦР), который может в реальном времени обнаруживать вирусные варианты даже в образцах с низким содержанием вирусной РНК или с деградированной РНК.
В рамках клинического исследования были взяты 717 образцов у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, в Великобритании, а также 365 образцов из Бразилии. В первом случае ученые обнаружили в S-белке вируса мутацию D1118H, характерную для альфа-варианта, а во втором — мутации K417T и L3468V, свойственные гамма-варианту коронавируса.
В обоих случаях сравнивалась чувствительность аллель-специфической зондовой ПЦР с методами NGS. Анализ показал, что при 99-процентной сопоставимости обнаруженных вирусных вариантов точность нового метода в образцах с широким диапазоном вирусных нагрузок на 25 процентов выше. Кроме того, он эффективно определил 95 процентов образцов с разрушенной РНК, в то время как методами NGS удается секвенировать не более 11 процентов деградированных образцов.
Метод аллель-специфической зондовой ПЦР показал 98-процентную чувствительность и 100-процентную специфичность для альфа-варианта. Для варианта гамма эти параметры составили 90-95 и 91-100 процентов соответственно.
По словам авторов метода, еще одно его преимущество заключается в том, что он легко модифицируется для нацеливания на новые мутации, которые могут возникнуть в геноме SARS-CoV-2 в будущем, что очень важно для оперативного отслеживания распространения новых штаммов коронавируса.